Die Gründung der Burg Flochberg dürfte in 1150 erfolgt sein. Flochberg war auch ein zentraler Schauplatz für die langjährige Familienfehde der Geschlechter Staufen und Welfen.
Eine Wiederbefestigung der Burg Flochberg erfolgte in der Mitte des 14. Jahrhunderts.
Im 30-jährigen Krieg teilte die Burg Flochberg das gleiche Schicksal wie viele andere Burgen in dieser Region und wurde teilweise zerstört. Im 18. Jahrhundert wurde stetig neues Baumaterial benötigt und so diente die Burg Flochberg als Steinbruch.